Ce terme désignait les membres de l’Ordre des Chevaliers Maçons Élus-Cohens de l’Univers, fondé par Martinès de Pasqually au XVIII° siècle, ainsi que les Chevaliers Bienfaisants de la Cité Sainte. Martinès de Pasqually décida de créer, ou plutôt de recréer un rite se rapportant à la théosophie biblique et chrétienne inspiré des juifs talmudistes et des gnostiques des premiers siecles. Dans ses lettres, Martinès de Pasqually parle de l’origine des « quelques connaissances que mes prédécesseurs m’ont transmis ». Selon Martinès, la science des Élus-Cohens viendrait des instructions que Seth, le troisième fils d'Adam, aurait reçu d'un ange et qui auraient pour but de permettre à l'homme de se réconcilier avec Dieu. L'Ordre fondé par Martinès est une société initiatique mystique assez proche du christianisme des premiers temps.
En avril 1762, Martinès était en garnison à Bordeaux au Château-Trompette et il établit son Tribunal Souverain. Un jeune officier, le sous-lieutenant de grenadiers, Louis-Claude de Saint-Martin, fut intéressé par sa démarche et qui fut initié dans cet Ordre en 1765 devint ainsi le secrétaire personnel de Martinès de Pasqually. Il initia une continuité, hors de la Franc-Maçonnerie, en abandonnant la théurgie, la voie externe, au profit d’une démarche plus intérieure. Selon Saint-Martin, le creuset de l’évolution spirituelle de l’homme doit être le cœur de l'homme : « entrer dans le cœur du Divin et faire entrer le Divin dans son cœur ». C'est la voie cardiaque.
Louis-Claude de Saint-Martin aurait transmis l'initiation à quelques disciples mais ne créa pas d'organisation initiatique.
Martinès, à Paris, formera d'autres disciples, dont Jean-Baptiste Willermoz qui fut un membre éminent de l’Ordre des Chevaliers Maçons Élus-Cohens de l’Univers. Il intègra la doctrine de la Réintégration dans le rite maçonnique de la Stricte Observance Templière allemande du baron Carl Gotthelf von Hund et en 1778, lors d’un convent, cet Ordre se réorganise et devient celui des Chevaliers Bienfaisants de la Cité Sainte. En 1782, une réforme transforme cette réorganisation et c’est la naissance du Rite Écossais Rectifié.
A la fin du XIX° siècle, deux hommes, le Docteur Gérard Encausse ( Papus ) et Augustin Chaboseau fondent l’Ordre Martiniste en 1889. En 1887, Papus adhère à la Société Théosophique, fondée par Madame Blavatsky et le Colonel Olcott. En 1890, il démissionna de la Société Théosophique, lui reprochant de prôner une supériorité absolue de la Tradition orientale. Il rassembla quelques amis, dont Augustin Chaboseau, Stanislas de Guaita, Lucien Chamuel, Maurice Barrès, Joséphin Péladan, Victor-Émile Michelet, et le Martinisme se structura. En juillet 1891, l'Ordre Martiniste se dote d'un Suprême Conseil composé de vingt-et-un membres et Papus en fut élu Grand Maître. Le Martinisme prit une structure internationale et se développa dans de nombreux pays comme la Belgique, l’Allemagne, l’Angleterre, l’Espagne, l’Italie, l’Égypte, la Russie, la Tunisie, les États-Unis d'Amérique, l’Argentine, le Guatemala et la Colombie.
Les Martinistes n'hésitent pas à s’allier à d'autres sociétés initiatiques dont les Illuminés, les Babistes, le Rite Ecossais, ou Memphis Misraïm et l'Église Gnostique, fondée par Jules Doisnel vers 1889 et qui devint leur Église officielle.
D'une rencontre avec le mystique Philippe de Lyon, Papus prit ses distances avec l’occultisme et s’orienta davantage vers la mystique.
Avec la mort de Papus, pendant la Première Guerre mondiale, l'Ordre Martiniste entra dans une période de sommeil. Jollivet Castelot dira : « Avec Papus, le Martinisme est mort » (Essai de Synthèse des Sciences Occultes, 1928).
Mais depuis divers groupes revendiquent l’héritage de Papus.